やるなら手洗いの前が有効です。
但し、インフルエンザは飛沫感染が主な感染ルートですから、手洗いや除菌は感染予防に無効（実験で証明されている）です。
http://www.afpbb.com/article/life-culture/health/2755434/6176340

また、手に付いたウイルスは、皮膚にいる善玉菌によって数分で不活性化されますので、
それを阻害してしまうような過剰な手洗いや除菌は逆効果でしょう。手が乾燥してひび割れたところに雑菌が入り込み、逆に不衛生です。

アルコール消毒は、製薬会社の子分である厚労省ですら、勧めていませんね。