冒頭でパリ支部での戦い。

場面はアスカ、綾波、シンジの3人。
人が住んでる集落へたどり着き、大人になったトウジとケンスケが登場。
アスカや綾波、トウジやケンスケの呼びかけで徐々に元気を取り戻していくシンジ。
ミサトと加持の息子も登場。
綾波はネルフでしか生きられないと悟り、シンジの目の前でLCL化してしまう。

ピックアップに来たヴンダーで再びシンジは着いて行くことを決意。
セカンドインパクトが起きた南極で新しいプラグスーツに身を包むアスカとマリ、狙いはまだ起動していない13号機。

邪魔な使途もどき達を弐号機と8号機で倒しつつ目的地へ。
13号機までたどり着き、アスカが止めを刺そうとするとATフィールドが発生。
アスカは眼帯を外し使途の力を借りるが13号機が起動、アスカは13号機に取り込まれてしまう。

アディショナルインパクトが発生するなか、シンジは初号機に乗りこませるようミサトに言う。
サクラとミドリがシンジに銃を向けますがミサトの説得でシンジは初号機に搭乗。
マイナス宇宙で戦うカシウスの槍を持った初号機とロンギヌスの槍を持った碇司令が操る13号機。
場面が色々変わる中、初号機は13号機に歯が立たない。

ここでミサトとリツコはヴンダーの脊髄で新たな槍を作成することに。
ヴィレの槍を作成したヴンダーの乗組員はミサトを残して脱出。
ミサトは最後ヴンダーの爆発に巻き込まれながら槍をシンジの元へ。

ヴィレの槍を手にしたシンジはエヴァに取り込まれたアスカ、14年前のレイ、カヲルを助けていく。
ヴィレの槍で初号機、13号機もろとも貫いてアディショナルインパクトを阻止。

それから時が経って少し大人になったシンジが駅のホームの向かいでレイとカヲルらしき人を見かける。
そして同じく少し大人になったマリが登場。
行こう、と言って駅のホームから離れる2人。終劇