Apple Music を使っていてもリッピングした曲が勝手に置き換わったことないけれどな
どこかで拾ってきた音の悪いファイルを置き換えるのに手動で置き換えたことはあるけれど
メインのPCでオリジナルのファイルを残したまま特に問題なくiTunesで管理できてるし

レンタルCDから取り込んだファイルはきちんとバックアップ取ってるよ