ライン通話の通知できないのは確か仕様だぞ。ライン通話がCallKitに対応してからは、通話が来た瞬間iOSの方に受け渡しちゃうから、Apple Watch側にCallKit対応が来ない限りはライン通話をApple Watchで受け答えできない。
どうしても通知だけでも欲しいなら「iPhoneの基本通話と統合」をオフにするしかない。