あまり詳しくないけど、交通系のセキュア領域が排他なせいで起こるのは別規格のカードが共存できないって話であって、
Suicaが複数枚作れるかどうかは関係ない話じゃないの?
複数のSuicaが0003でアクセスする分には同規格だから問題ないけど、Suicaで占有してるセキュア領域にPASMOはアクセスできない、みたいな