's/\./\-/' でどうかな
正規表現だと. (ドット) は任意の1文字にマッチするからそのままだと最初の0にマッチする
バックスラッシュをつけてエスケープするとドットそのものにマッチするようにできる
範囲を表す−(ハイフン)も同様